Secuencia Arqueológica
La cavidad conserva estratos arqueológicos que abarcan unas cronologías comprendidas entre 25.000 y 4.000 años antes del presente. Los vestigios recuperados en las excavaciones arqueológicas testimonian el paso de grupos humanos representativos de los cazadores, recolectores y pescadores pleistocenos del Paleolítico y del Epipaleolítico así como de sociedades productoras de alimentos desde el Neolítico Inicial hasta la Edad del Bronce.
Los datos arqueológicos disponibles permiten deducir que la Cueva de Nerja fue utilizada como hábitat, lugar de enterramiento y para plasmar manifestaciones artísticas rupestres, entre otras actividades. La particular ubicación del yacimiento, próximo a la costa, proporciona información sobre el clima reinante en el pasado, los cambios sufridos por el nivel del mar, la diversidad y cantidad de recursos explotados por cada comunidad humana, las distintas estrategias de subsistencia y los patrones de poblamiento durante el Cuaternario reciente.
Por ello, la Cueva de Nerja constituye un hito privilegiado para el estudio de las sociedades humanas del Pleistoceno Superior y Holoceno Antiguo y un referente en la investigación de la Prehistoria del sur de la península Ibérica.
El estudio de los restos arqueológicos permite conocer la secuencia cronológica y cultural de ocupación del yacimiento. En cuanto a la funcionalidad de la cavidad y la frecuencia con que era ocupada, la presencia humana más antigua detectada hasta el momento se remonta al Gravetiense, cuando los grupos humanos habitaban esporádicamente la cavidad. En los períodos de abandono está documentado el uso de la cueva por grupos de hiena manchada. En la etapa siguiente, durante el Solutrense, se produjo un incremento de la ocupación, como demuestra la mayor cantidad de objetos arqueológicos abandonados, que se acentúa durante el Tardiglaciar e inicio del Holoceno, momento a partir del cual decrece el número de vestigios. La ocupación antrópica repuntaría durante el Neolítico y decrecería algo durante el Calcolítico.
El hallazgo en las excavaciones de restos de determinados animales sirve para perfilar los momentos de abandono, porque hay especies (rapaces, murciélagos...) que nunca conviven con los seres humanos. Durante el Paleolítico Superior se alternan las ocupaciones con los abandonos de la cavidad, siendo éstas coincidentes con la primavera y el verano, mientras que los indicios conocidos parecen indicar un uso más frecuente del emplazamiento en otoño e invierno. Durante la Prehistoria Reciente (Neolítico, Calcolítico y Edad del Bronce) el uso de la cavidad sería sustancialmente el de necrópolis y, en ocasiones, de aprisco para el ganado.
La interpretación de los diferentes tipos de sedimentos o las inferencias realizadas a partir del análisis de fragmentos de madera (antracología) y de los moluscos marinos recolectados con fines alimenticios informan de forma indirecta de la evolución de las líneas de costa, relacionadas con las fluctuaciones del nivel del mar, permiten deducir las condiciones climáticas del pasado y algunas de sus repercusiones paleogeográficas y sobre los ecosistemas, permitiendo así abordar reconstrucciones paleoambientales.
La Cueva de Nerja dispone también de una amplia documentación que permite analizar aspectos relacionados con las estrategias de subsistencia de las paleocomunidades. Así, en las fases más antiguas (Gravetiense y Solutrense), la dieta alimenticia estaba compuesta por un conjunto reducido de especies de mamíferos, aunque es de reseñar la presencia de conejo, que ocupa una posición destacada a nivel de cantidad de restos respecto a las demás especies documentadas, caballo, uro, ciervo, cabra montés o jabalí. También se encuentran restos de foca monje, aunque en escasa cuantía, lo que apuntaría a una incipiente depredación de los medios costeros durante estas etapas tempranas, actividad que verá su máxima expresión durante el Magdaleniense. En cuanto a las etapas más recientes de la secuencia, parece evidente la alternancia de especies claramente domésticas con la caza de animales salvajes.
Esta cavidad cuenta con uno de los registros funerarios y de restos humanos más completos de la Prehistoria andaluza. En este sentido, la amplia dispersión a lo largo del tiempo de los enterramientos y restos aporta una documentación muy valiosa y rica sobre rituales de inhumación y un contingente de individuos sobre los que analizar aspectos paleogenéticos. Por ejemplo, a través de estudios de ADN se ha descubierto la procedencia africana de algunos individuos neolíticos.